Seit 2012 listet die Datenbank „BacDive“ (Bacterial Diversity Metadatabase) Bakterien und Archaeen mit Forschungsdaten zu deren Eigenschaften auf. Jetzt haben die verantwortlichen Forscher des Leibniz-Instituts DSMZ (Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen) diese Datenbank massiv erweitert.

Frei zugänglich und interoperabel

Die Datenbank „BacDive“ folgt den FAIR-Prinzipien, nach denen wissenschaftliche Daten auffindbar, zugänglich, interoperabel und wiederverwendbar (Findable, Accessible, Interoperable, Re-usable) sein sollen. Jetzt gilt das für Daten zu 80.584 Stämmen, darunter mehr als 19.505 Bakterienstämme der schwedischen Sammlung Culture Collection University of Gothenburg (CCUG).

Größte freie API-Sammlung der Welt

Rund 600 Datenfelder mit mikrobiologischen Informationen zu den jeweiligen Stämmen bietet „BacDive“. Darunter befinden sich beispielsweise Daten zu Speziesbeschreibungen und Stoffwechselprofilen sowie Daten über enzymatische Aktivitäten und Antibiotikaresistenzen. Für mehr als 5.000 Stämme existiert in der Datenbank zudem ein Analytical Profile Index (API), mit denen Stämme schnell identifiziert werden können. Das macht „BacDive“ zur größten frei zugänglichen API-Sammlung weltweit.

Mehr als 900.000 Metadaten

Darüber hinaus sind die Datenbankeinträge mit weiterführenden Daten anderer Datenbanken verknüpft, darunter die 16S-rRNA-Sequenzen der Bakterienstämme in der Datenbank SILVA und den an Stoffwechselreaktionen beteiligten Enzymen in der Datenbank BRENDA. Umgekehrt verweisen wichtige Datenquellen wie PubMed, NCBI Taxonomy, NCBI Nucleotide, aber auch Speziesbeschreibungen von Wikipedia auf die korrespondierenden Einträge in „BacDive“ – die nach diesem Update jetzt insgesamt mehr als 900.000 Metadaten bereithalten.

bl