Die Forschung am Institut befasst sich höheren Pilzen (Basidiomycota) und Netzschleimpilzen (Thraustochytriden) als Zellfabriken für die Erzeugung von niedermolekularen Metaboliten wie Aromastoffen, Farbstoffen und Terpenoiden mit Bioaktivität sowie mit der Produktion von Pilzenzymen in rekombinanten Wirten zur Verbesserung der Lebensmittelqualität. Monokaryotische Pilzstämme dienen der Erforschung von Mutationsereignissen und differentieller Genaktivität zur Erklärung von intraspezifischer Variabilität. Dazu stehen moderne Hochleistungsanalytik (GC, GC-O, GC-MS, TDS-GC-MS, LC-MS, nLC-ESI-MS/MS, SDS-PAGE, IEF, PCR-Varianten) und ein Technikum mit diversen Bioreaktoren zur Verfügung. Zu den aktuell beforschten bioökonomischen Verfahren zählen die enzymatische Bildung von Geschmack verstärkenden Dipeptiden, von Farb- und Aromastoffen, die enzymatische Minderung des Acrylamid-, Gluten- und des Chlorogensäure-Problems sowie der Bitterstoffabbau in Rapsprotein.