Das Institut für Epidemiologie (IfE) beschäftigt sich mit der Epidemiologie einheimischer Tierseuchen (z. B. Aviäre Influenza, Blauzungenkrankheit, BSE, Klassische Schweinepest, Tollwut), der Prävention nicht einheimischer Infektionskrankheiten (Risikobewertungen bei der Einfuhr, Frühwarnsysteme) und den biomathematischen und epidemiologischen Grundlagen der Risikobewertung. Mit modernen epidemiologischen Methoden, die auch auf mathematische Modelle und geografische Informationssysteme zurückgreifen, werden neue Erkenntnisse gewonnen, die in die praktische Tierseuchenbekämpfung einfließen.

Darüber hinaus nimmt das Institut behördliche Aufgaben wahr, insbesondere im Zusammenhang mit dem Tierseuchennachrichtensystem (TSN) und dem Projekt TRACES der Mitgliedsstaaten der Europäischen Union, und beteiligt sich an der Entwicklung elektronischer Werkzeuge des Tierseuchenmanagements.