Das ZBH deckt mit vier Arbeitsgruppen aus den Fachbereichen Biologie, Chemie und Informatik ein weites Spektrum an Themen der molekularen Bioinformatik in Forschung und Lehre ab. Ziel der Bioinformatik ist es, computergestützte Verfahren für die lebenswissenschaftliche Forschung zu entwickeln und einzusetzen. Die Entwicklung neuer bioaktiver Moleküle, wie sie z.B. als Wirkstoffe in Medikamenten vorkommen, findet in zunehmendem Maße mit dem Computer statt. Die Enwicklung der dazu notwendigen Softwaresysteme ist der Forschungsschwerpunkt der AG AMD (Prof. Rarey). Die AG BM (Prof. Torda) befasst sich mit klassischen Simulationsmethodeon aus der Physik und der Proteinbiochemie. Die AG GI (Prof. Kurtz) arbeitet an der Entwicklung und Anwendung von neuen Algorithmen und Datenstrukturen sowie flexiblen Softwaresystemen auf biologischen Sequenzen. Die AG Cosy.Bio (Prof. Baumbach) erforscht die molekularen Mechanismen von Krankheiten und Methoden der KI und der kombinatorischen Optimierung.