Das IMTE beschäftigt sich mit der nachhaltigen und umweltgerechten Aquakulturentwicklung und bearbeitet Fragestellungen aus den Bereichen der Fischernährung und -haltung, der Fischgesundheit und dem Fischwohl und nutzt konventionelle, integrierte oder polytrophe Aquakultursysteme zur Produktion von aquatischen Organismen. Dabei ermöglichen die zum Teil einmaligen, experimentellen Haltungssysteme der Einrichtung vielfältige wissenschaftliche Untersuchungen mit hoher Replikatzahl einerseits sowie die Produktion aquatischer Organismen im semiindustriellen Maßstab andererseits. Die Abteilung Aquakultur und Aquatische Ressourcen verfolgt nachhaltige Ansätze der Kreislaufwirtschaft sowie der integrierten multitrophen oder aquaponischen Aquakultur (IMTA, Aufzucht von marinen Fischen, Muscheln und Algen, Aufzucht von Fischen und Gemüse in Süß- oder Brackwasser) und vereint diese mit der Entwicklung neuer Tierwohlstandards, optimierter Futtermittel und angepasster Haltungssysteme.