Mit der "Innovationsinitiative industrielle Biotechnologie" werden Wirtschaft und Wissenschaft aufgerufen, strategische Allianzen entlang von Wertschöpfungsketten zu bilden. Die strategischen Allianzen sollen dabei unter der Führung eines Unternehmens stehen. Ein entscheidender Aspekt einer strategischen Allianz ist die Verknüpfung von Partnern mit einer kohärenten Zielstellung. Die längerfristig angelegte Förderung soll den beteiligten Unternehmen helfen, den notwendigen langen Atem für die erforderlichen Schritte in Forschung und Entwicklung aufzubringen. Im Gegenzug wird erwartet, dass die Unternehmen sich ebenfalls längerfristig und mit substantiellen Eigenbeiträgen engagieren.

Innerhalb einer strategischen Allianz sollen modulartig aufeinander aufbauende Forschungs- und Entwicklungsprojekte definiert und realisiert werden. Ziel der geförderten Projekte soll die Entwicklung innovativer Prozesse oder Produkte für industrielle Anwendungen unter Einsatz biotechnologischer Verfahren sein. Von besonderem Interesse sind industrielle Anwendungen, die mittelfristig durch biotechnologische Verfahren oder Produkte ersetzt werden können ("Biologisierung der Industrie"). Neben Branchen wie der Nahrungsmittel-, Chemie-, Papier- und Pharmaindustrie, in denen biologische Prozesse bereits eingesetzt werden, steht die Förderung grundsätzlich allen Industriezweigen offen.