Die funktionelle Genomforschung, Basis der Forschung am Institut für Mikrobiologie, führt durch Integration verschiedener (Meta)-OMICS-Disziplinen zu einem völlig neuen Verständnis des mikrobiellen Lebens. Aktuelle Entwicklungen in diesem Bereich erlauben nicht nur einzigartige Einblicke in Physiologie und Pathogenitätsmechanismen einzelner Organismen, sondern auch in die Struktur, Funktionalität und Interaktionen komplexer mikrobieller Lebensgemeinschaften („Mikrobiome“). Das Institut für Mikrobiologie, ein wesentlicher Bestandteil des C-FunGene, vereint unter seinem Dach drei Forschungsrichtungen: 1. die Mikrobiomforschung, eng verzahnt mit der Mikrobenphysiologie und Umweltmikrobiologie; 2. die Infektionsforschung mit Fokus im Bereich Pathophysiologie und 3. die Bioökonomie. Die methodischen Expertisen der Forschung am Institut für Mikrobiologie stellen derzeit state-of the-art (Meta)-OMICS-Technologien ((Meta)-Proteomics, (Meta)-Transkriptomics, 16S rRNA Gen-Analysen) dar.