In der Abteilung für experimentelle Tierhaltung und Biosicherheit wird die experimentelle Tierhaltung am Standort Insel Riems zentral organisiert. Neben Laboratorien für Pathologie und Bakteriologie sowie der Zulassungsstelle ist der ATB auch die Bio-Bank (Virus- und Zellkultursammlung) des FLI zugeordnet. Der Leiter der ATB ist zugleich mit der Wahrnehmung der Funktion des Amtstierarztes betraut und leitet das Biosicherheitsmanagement des FLI, indem auch der Biorisk-Ausschuss und die Kommission für Ethik sicherheitsrelevanter Forschung (KEF) des FLI eingebunden sind.