Das Institut für Tierschutz und Tierhaltung des Friedrich-Loeffler-Instituts arbeitet an der Weiterentwicklung tiergerechter und nachhaltiger Haltungsverfahren und -systeme für Nutztiere. Hierfür sind die Aufklärung der Verhaltensansprüche und die Analyse der Faktoren, die zu Verhaltensstörungen führen, essentiell. Zur Bewertung bestehender Haltungsverfahren arbeitet das ITT an der Weiterentwicklung von Bewertungsmethoden einschließlich der sogenannten tierbezogenen Tierschutz-Indikatoren. Weitere Forschungsbereiche sind die Bewertung von Tiertransporten hinsichtlich Tiergerechtheit sowie die Weiterentwicklung von tierschutzgerechten Betäubungs- und Tötungsverfahren für Nutztiere wie Elektro- und Gasbetäubungsverfahren. Zunehmend werden Digitalisierungstechniken und Algorithmen der künstlichen Intelligenz eingesetzt, etwa für die Früherkennung von Verhaltens- und Tiergesundheitsproblemen oder im Rahmen des sogenannten Precision Livestock Farming.