Die Arbeitsschwerpunkte der Forschung des CESR zum Thema Bioökonomie liegen in den Bereichen Modellierung von Mensch-Umweltbeziehungen, Szenario-Analyse und Monitoring. Im Rahmen des BMBF Projekts BEPASO wurden Bioökonomieszenarien für Deutschland entwickelt und mit einem neu entwickelten integrierten Modellansatz, bestehend aus einem ökonomischen Gleichgewichtmodell und einem räumlichen Landnutzungsmodell quantifiziert. Diese Arbeiten werden aktuell im Begleitprojekt TransRegBio des Bioökonomie-Innovationsraums BIOBALL weitergeführt. Darüber hinaus beschäftigt sich das CESR im BMBF Verbundprojekt SYMOBIO mit der Entwicklung eines nationalen Bioökonomie-Monitorings. Ein Schwerpunkt dabei ist die Berechnung und Bewertung von Umweltfußabdrücken, ebenfalls mit integrierten räumlichen Modellansätzen.