Im Mittelpunkt der Arbeiten des Friedrich-Loeffler-Instituts stehen Gesundheit und Wohlbefinden lebensmittelliefernder Tiere sowie der Schutz des Menschen vor Zoonosen.
Die Aufgaben des FLI sind in § 27 des Gesetzes zur Vorbeugung vor und Bekämpfung von Tierseuchen (Tiergesundheitsgesetz in der Fassung der Bekanntmachung vom 21. November 2018 (BGBl. I S. 1938), in der aktuell gültigen Fassung) niedergelegt.
Das FLI forscht auf dem Gebiet der Tierseuchen, des Tierschutzes, der Tierhaltung, der Tierernährung und der Nutztiergenetik. Die Forschung ist sowohl grundlagen- als auch praxisorientiert und umfasst verschiedene Fachdisziplinen der Veterinärmedizin, Lebens- und Nutztierwissenschaften.