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Quelle: B. Pollmann, bioökonomie.de
Im Boden wimmelt es von Mikroorganismen. Deren Erforschung ist nicht einfach, weil sich viele davon bislang nicht im Labor kultivieren lassen. Oftmals erfassen Forscher daher sogenannte Metagenome – die Gesamtheit der Gene der Mikroorganismen einer Probe. Mehr als 200.000 solcher Metagenome sind in öffentlichen Datenbanken verfügbar. Doch es gibt ein Problem: Die Datensätze darin unterliegen keinem einheitlichen Standard. Das erschwert die weitere Nutzung. Ein Team des Helmholtz-Zentrums für Umweltforschung (UFZ) hat daraus nun 15.000 Datensätze nach einheitlichen Standards aufbereitet und in einer neuen Datenbank zusammengeführt, wie es im Fachjournal „Nucleic Acids Research“ berichtet.
Vereinheitlichte Metadaten
Die Daten stammen aus den Datenbanken „MG Rast“ und „Sequence Read Archive“. Darin sind beispielsweise Angaben zur Temperatur der Bodenprobe mal in Kelvin, Grad Fahrenheit oder Grad Celsius gespeichert. „Dies erschwert es interessierten Anwendern, mit den Daten weiterzuarbeiten“, sagt Ulisses Nunes da Rocha, Mikrobieller Ökologe am UFZ. Für die neue Datenbank „TerrestrialMetagenomeDB“ haben die Forscher daher alle Metadaten wie Temperatur, pH-Wert und geografische Koordinaten nach einer bestehenden Standardisierungsmethodik vereinheitlicht.
