Trotz aller Vorteile, gibt es auch Skepsis gegenüber den neuen technologischen Entwicklungen. Die Verwaltung enormer Datenmengen (Big Data) bringt verschiedene Herausforderungen mit sich. Die herkömmlichen Speicher- und Auswertungsverfahren sich nicht (mehr) geeignet um die zukünftig noch rasanter wachsende Datenmenge sicher zu verwalten.
Auch die große Datenvielfalt, die Datenverfügbarkeit und -qualität verlangen nach neuen technischen Lösungen. Die Datenverfügbarkeit ist derzeit nicht immer gewährleistet, da einige Dienste wie der Deutsche Wetterdienst ihre hochaufgelösten Daten nur eingeschränkt kostenfrei zur Verfügung stellen. Dem Problem der eingeschränkten Datenverfügbarkeit versucht die Politik mit öffentlichen Plattformen zu begegnen. Daten aus öffentlich geförderten Projekten sollen später auch öffentlich zugänglich sein. Beispielsweise werden mit öffentlichen Mitteln erzeugte Geodaten zunehmend auf dem Portal GDI-BMEL kostenfrei zur Verfügung gestellt und das Land Rheinland-Pfalz bietet kostenlose Landwirtschaftsmodelle und Beratungshilfen an.
Hinzu kommt, dass der Netzzugang mit hoher Bandbreite noch nicht flächendeckend vorhanden ist. Insbesondere ländliche Regionen sind noch nicht abgedeckt. Ein Netzzugang mit großer Bandbreite und hohem Datenvolumen ist aber Voraussetzung für nahtlose Prozessabläufe, bei denen auch die Echtzeitübertragung entscheidend ist. Entsprechend können einige bereits bestehende Serviceangebote nicht überall genutzt werden. Der Netzausbau wird deshalb von der Bunderegierung gefördert. Die Verbesserung der digitalen Infrastruktur erfolgt durch das BMVI, seit 2008 beteiligt sich auch das BMEL mit der Gemeinschaftsaufgabe Agrarstruktur und Küstenschutz (GAK), um ländliche Regionen besser zu versorgen.
Die Datensicherheit im Zusammenhang mit Big Data sorgt für zahlreiche Diskussionen. Unternehmen und Forschung haben großes Interesse, erhobene Daten vollumfänglich zu nutzen. Daraus ergibt sich ein zunehmender Konflikt mit dem Persönlichkeitsrecht des Einzelnen. Auch fürchten Landwirte die zunehmende Abhängigkeit von Drittanbietern für Softwarelösungen. Einige haben Angst vor einem „gläsernen Betrieb“, wo sämtliche Prozessabläufe extern einsehbar sind. Hier könnten Verträge zwischen Landwirten und Maschinenherstellen die Datensicherheit und -hoheit regeln. Auch Verbraucherschützer stehen der Datenerhebung durchaus kritisch gegenüber.
Die Wissenschaftlichen Dienste haben 2016 den Sachstand zur „Digitalisierung in der Landwirtschaft“ für den Deutschen Bundestag ermittelt. Darin stellen sie fest, dass das tatsächliche Einsparungspotenzial durch die Landwirtschaft 4.0 bislang nicht ausreichend untersucht wurde. Es fehle derzeit noch an umfassenden Studien mit belastbaren Zahlen. Viele Studien konzentrierten sich auf Einzellösungen in speziellen Bereichen. Das Zusammenspiel von Industrie, Informationsdiensten und Landwirtschaft sei unzureichend untersucht.
Die Innovationsinitiative Landwirtschaft 4.0 des Leibniz-Forschungsverbunds „Nachhaltige Lebensmittelproduktion & gesunde Ernährung“ stimmt in der Kritik überein und erarbeitet in fachübergreifenden Teams wissenschaftliche Grundlagen für die Weiterentwicklung der Landwirtschaft. Die verbesserte Vernetzung von Informationen solle zur Realisierung einer transparenten, nachhaltigen, umwelt-, tier- und verbrauchergerechten Produktion von Nahrungsmitteln und biobasierten Rohstoffen führen. Nach Einschätzung des Bundeslandwirtschaftsministeriums können Forschungszentren auch als Kompetenzzentren für die Digitalisierung fungieren.
Ähnlich wie in anderen Branchen wird der Wegfall von Arbeitsplätzen durch die Digitalisierung und Automatisierung der Landwirtschaft befürchtet. Wissenschaftler vom Zentrum für Europäische Wirtschaftsforschung in Mannheim fanden heraus, dass in Deutschland heute 42% der Beschäftigten eine Arbeit ausüben, die in etwa 20 Jahren digitalisiert oder automatisiert werden könnte. Dem gegenüber stehen neue Beschäftigungsfelder, die erst mit der Digitalisierung geschaffen werden wie die Studie „Business opportunities in Precision Farming“ des Beratungsunternehmens Roland Berger bestätigt. Wichtig sei es dabei auch an die Übergänge in der Wertschöpfungskette vor und nach der landwirtschaftlichen Produktion zu denken. Andere Berufsfelder bleiben erhalten, ändern sich aber inhaltlich. Die Berufsausbildung sei anzupassen und die Fähigkeit, sich in der digitalen Welt zurechtzufinden, werde eine Schlüsselqualifikation, heißt es im Artikel „Unterwegs auf digitalem Feld“ aus einer Fachzeitschrift des Bundesinformationszentrums Landwirtschaft der BLE. Der Einfluss der Digitalisierung auf unterschiedliche Betriebsgrößen ist unklar. Einerseits können vor allem kleinere Betriebe durch überbetriebliche Lösungen und die Automatisierung profitieren, andererseits besteht die Befürchtung, dass die Schere zwischen Klein- und Großunternehmen weiter auseinandergeht.